Ab 1970 übernahm Ströbele die Verteidigung von RAF-Angehörigen, u. a. Andreas Baader. 1975 wurde Ströbele wegen Missbrauchs der Anwaltsprivilegien noch vor Beginn des Stammheim-Prozesses von der Verteidigung ausgeschlossen. 1980 wurde Ströbele von der 2. Großen Strafkammer beim Landgericht Berlin wegen Unterstützung einer kriminellen Vereinigung zu einer Freiheitsstrafe von 18 Monaten auf Bewährung verurteilt, da er am Aufbau der RAF nach der ersten Verhaftungswelle 1972 mitgearbeitet habe und in das illegale Informationssystem der RAF involviert gewesen sei. Dieses Urteil wurde 1982 von der 10. Großen Strafkammer des Berliner Landgerichts auf zehn Monate reduziert. Ströbele bestreitet die Vorwürfe und erklärte, das Informationssystem habe lediglich der Arbeit als Verteidiger für die gefangenen Mitglieder der RAF in den Jahren 1970 bis 1975 gedient.